肛瘘手术后处理十分重要，甚至可以说手术后处理的好坏对手术效果的优劣有直接影响。一般而言，在手术后24小时，便将伤口内的凡士林纱布及其他填充纱布取出，若创面较深较大，则可于48小时后取出，若患者排便，便后要坐浴患处，并换要。每日一次，直至伤口完全愈合。

换要时，伤口应保持引流通畅，要布放到伤口深处，即伤口底部，覆盖好肉芽组织，使其由深部向外生长，但不宜填塞太紧，以免妨碍愈合。同时要检查伤口情况，避免外部伤口粘连，早期愈合，而形成新的瘘管。对外部生长较快的肉芽要经常剪切，对已提前愈合的外部组织要提早切除，扩大外部引流口，使引流通畅。换要时，有条件者应尽量使用诸如生肌玉红膏之类的中要膏剂，祛除腐肉，以促进伤口愈合。