肛瘘自然愈合的几乎很少，手术是主要疗法，常能获得痊愈，但有一定的复发率。不适合手术的病例，可用非手术疗法，一般能减轻症状，防止瘘管向纵深蔓延，控制其发展。肛瘘和肛旁脓肿一样，不同于身体其他部位的感染，由于发生在肛门直肠附近，在肛门或直肠内有一固定感染来源，即内口，同时病灶位于肛门括约肌内，括约肌的舒张和收缩会影响脓液的排出。

因此说，肛瘘和肛旁脓肿一旦发生，不论轻重，多没有自愈的可能，要物治疗也只是减轻症状，临床只有通过手术（包括挂线）治疗才能达到治愈目的。以往曾有许多人试图用手术以外的多种方法治疗，但都以失败告终，至少可以说，到目前为止还未发现非手术方法能治愈肛瘘的。