婴幼儿也可以患肛瘘且并非少见，男孩多于女孩。除了先天性肛瘘如直肠阴道瘘、直肠会阴瘘、直肠舟状窝瘘等外，婴幼儿肛瘘主要是受母体激素失调的影响，使皮脂腺分泌亢进，引起肛门皮脂腺炎，由感染形成肛门脓肿，继而溃破形成肛瘘。

婴幼儿肛瘘的特点是部位多在肛门两侧，瘘管多浅表、单纯、垂直，高位瘘、复杂瘘、弯曲瘘罕见。部分婴幼儿肛瘘可自愈或用要物能治愈，故不必着急手术，什么时候孩子能配合手术了，再考虑手术治疗。在婴幼儿期，可以用中要灌肠或中要坐浴的方法治疗以控制病情的发展。