肛瘘属于常见的肛肠疾病，在肛肠病中发病率仅次于痔疮和肛裂而位居第三。1977年全国肛肠病普查资料显示其发病率为1.67％。综合全国各地区的情况来看，北方地区的发病率要比江南地区高一些。国外报道的肛瘘发病率占其肛肠病的8%-25%，明显高于国内。

另外，以性别来看，男性发病率远高于女性，男女之比为5:1，也有报道为10~15：1。从年龄来看，21岁~40岁为多，约占70％~80％。城乡相比，农民发病率比城市居民高出一倍，专家认为此与生活条件和卫生习惯有关，比如西方饮食结构以高脂，高蛋白为主；男性青壮年嗜烟酒、尤其嗜烈性酒者多，这样的饮食生活习惯易化生湿热毒邪。我国广大的乡村受医疗条件所限，同时对肛肠病不予重视，是农民肛瘘发病率高于城市居民的原因。