根据灌肠目的不同，灌肠后应进行不同的护理。

用于治疗便秘，灌肠后患者产生便意时，应鼓励并帮助病人排便。用于治疗慢性肠炎、慢性溃疡性结肠炎及慢性肾功能衰竭时，应采取保留灌肠，灌肠后宜保持原来体位并垫高臀部或更换卧位，必要时用无菌纱布卷紧堵住肛门，尽量使要物在肠道停留时间长一些，以便要物充分吸收，当病人有便意且较强或疲劳时，即让其排便或下床活动。用于肠镜检查或胆道造影检查时，应采取清洁灌肠，灌肠后应观察或了解排便的次数，最后一次排便是否仍有大便排出，如果有则说明肠内食物残渣未排净，应再进行灌肠，如果没有则说明肠道内已清洁，可进行检查。

对有肛周疾患(如痔疮)及直肠疾病(如息肉)等患者，灌肠时易引起疼痛及出血，要及时进行止血、抗炎等处理。