肠镜有直肠镜、乙状结肠镜和纤维结肠镜三种。不管是哪一种肠镜都能很直观地对肠道做清晰的观察，理论上的诊断率是100％。

直肠镜是金属做的，直筒形，长15厘米。做直肠镜检查不需肠道准备，基本微创微痛苦，操作简便，费用低廉，很适合于直肠恶变的普查；缺点就是仅局限于对直肠的检查。

乙状结肠镜也是直筒形，长25~30厘米。由于大部分肠恶变都发生在距肛门30厘米以内的肠段，所以做乙状镜检查的优势也是明显的，即费用低、痛苦小，但无法检查降结肠以上部位的恶化。

光导纤维结肠镜可以对全部大肠进行直观的肉眼检查；缺点是前期准备麻烦、费用高、痛苦大，有三分之一的患者因耐受性差导致半途而废，而且有严重的心血管病患者不能做此项检查。