肛门指诊是最简便易行的检查手段，检查前不需要特殊准备（如清洁灌肠），也无需什么设备，有一间屋子一张床足矣。只依靠医生的食指在肛门直肠内触摸，就能提供给医生很多重要的信息，该检查还没什么痛苦。由于约50%~60％的直肠恶变生长在距肛门8厘米的直肠范围内，经指诊都能触及并基本确诊，所以肛门指诊非常重要，不能忽略和偏废。肛门指诊的局限性也是明显的，即从肛门向里8厘米以上肠道的恶化无法触及，需要做其他的检查来确诊。