肛门疼痛的治疗包括病因治疗和对症处理。

1) 精神因素（包括神经性）：对精神神经因素引起的疼痛，首先要从心理上给予治疗，同时，适当给予维生素及安定类要治疗。对神经因素引起的肛门疼痛，如坐骨神经痛，要诊断导致坐骨神经痛的具体病因，从而解除病因，肛门疼痛也就会消失；

2) 肠道感染、便秘和腹泻：运用抗生素或通便要等进行对症治疗，肠道感染、便秘和腹泻病情得到控制或治愈，肛门就不会再疼痛了；

3) 肛门直肠周围感染或脓肿：及时切开引流或行根治术；

4) 肛门疾病和肛门恶化：及时治愈痔、瘘、裂等肛门疾病，手术切除肛门恶化，肛门自然疼痛减轻；

总之，要减轻肛门疼痛，必须及时针对导致疼痛的原因，给予恰当的治疗。