肛瘘一般都是肛窦、肛门腺感染，扩散形成肛门直肠周围炎，得不到控制进而形成肛门直肠周围脓肿，即肛旁脓肿，自行破渍或切开排脓后，脓肿逐渐缩小，形成结缔增生的硬壁管道，中间遗留下的空隙即为瘘管，也即肛瘘。

在这一过程中，只有炎症阶段可用有效抗生素控制，一旦形成肛旁脓肿，不切开也会自然破渍，肛瘘就是必然的后遗症；而肛瘘一旦形成，就不能再寄希望于吃要打针或者局部用要能治好，这是非手术不能治愈的一种疾病。当然手术并不都是开刀，可以用手术刀将瘘管彻底切除，也可用橡皮条代替刀片，将瘘管慢慢切开，让它边切边愈合，这就是“挂线疗法”，也是一种手术操作。

一般在肛旁脓肿切开排脓之后，不急于马上做肛瘘切除或挂线治疗，需给瘘管一个病变纤维化的老化期，一般3。6个月，然后再做手术为佳。医生会根据瘘道情况选择适当的手术方案。如果患者特别惧怕开刀，可选择“挂线疗法”，这种方法对高位肛瘘、位置较深的瘘管较适合，还有防止术后肛门失禁的优点。由于肛瘘是可以恶变变的，特别是病史5～10年以上者更有可能，所以还是及早接受手术治疗为好。