从理论上讲，遵循手术原则，按照手术规范进行手术，不会有术后并发症或后遗症。但每个人的体质不同，其机体组织对手术的反应程度也不同。一般来讲，难度越大，复杂性越高的手术，产生术后并发症或后遗症的可能性越大。

（1）肛瘘手术后常见的并发症有以下几种：

1）出血：有较大的血管破裂，出现活动性出血点，此时要用丝线结扎出血点来止血。

2）尿潴留：术后第一次排尿困难，尤多见于老年前列腺肥大病人。术后疼痛、局部麻要过量也可引起排尿困难，一般按摩或热敷小腹、听流水声诱导排尿均可见效。

3）创面假愈合：往往是换要不及时或不适当所致，有些是属于病人"体质性因素"造成的，此时只要重新切开假愈合的部分，使引流通畅即可，所以引流通畅很重要。

4）感染：手术后只要坚持换要、坚持排便后清洗肛门，是不会感染的。如果感染，一定是粪便污染了创面，这时要清创，静脉点滴抗生素控制感染。

（2）肛瘘手术后遗症常见以下几种：

1）肛门潮湿或漏少量稀粪：由于手术瘢痕过大使肛门关闭不严所致，患者往往属瘢痕体质者。随着时间的推移，瘢痕可以逐渐软化，该后遗症可以消失。只是这个时间有长有短，因人而异，如糖尿病患者的这个时间就会长一些。

2）肛管直肠狭窄：因瘘管复杂，大面积瘢痕挛缩所致。如何处理需视具体情况而定。

3）肛门失禁：这是不该出现的，若出现说明手术失败了，需要进行修复手术。在临床上，肛瘘手术后出现肛门完全性失禁的情况很罕见，一般见到的是肛门不完全性失禁和肛门感觉性失禁，对此只能是保守治疗和加强肛门功能缎练。