在临床上有一些肛瘘患者因身体条件不能适应手术或暂不适合做手术，则应根据情况进行针对性的保守治疗。这部分患者主要是指孕妇和哺乳期妇女，年老体弱者，伴有其他严重内科疾病者。孕妇和哺乳期妇女以保养为主，多吃绿叶蔬菜，多饮开水。因为绿叶蔬菜性质多寒凉，有下火作用，可预防病情反复，局部治疗可用清热解毒的中要坐浴，待哺乳期过后再行手术洽疗。

年老体弱和有严重内科疾病者，要全身抗炎和局部抗炎相配合进行治疗。全身抗炎要以杀革兰氏阴性杆菌的抗生素为主，其次为广谱抗生素；局部抗炎以抗炎消肿的栓剂外用和清热解毒中要坐浴为主。目的是通过保守治疗来控制炎症，防止肛瘘加重。与此同时，有合并其他疾病者，也要在专科医师指导下积极治疗。待身体条件许可时再做肛瘘手术。对不适宜手术者，根据病情发展和身体状况，制订出保守治疗的计划。