肛瘘从本质上讲是肛门直肠周围脓肿的一种后遗症。所以其病因与肛周脓肿是一样的，即肛窦感染，这是主要原因，临床上绝大多数肛瘘都由此而来。另外，现代医学认为，以下原因也能导致肛瘘：

①直肠肛门的损伤，如外伤，细菌从伤口侵人而感染。

②肛门裂反复感染并发皮下瘘。

③内痔注射误人肌层或阴部手术后感染。

④结核病并发结核性肛瘘。

⑤炎症性肛肠病并发肛瘘。

⑥直肠肛管恶变波及深部并发肛瘘。

⑦糖尿病、白血病等因机体抵抗力低下，导致血行感染而引起肛瘘。