关于婴幼儿肛瘘的病因，目前尚不完全清楚。国外主要有以下几种说法。

粪便压迫：小儿骶骨曲尚未形成，两侧坐骨结节距离较近，加之肛门内括约肌紧张度较弱，因此粪便易直接压迫肛管处齿线，肛窦粘膜擦破，易使细菌侵入致病；女孩因直肠前面有子宫，压迫直肠，与成人直肠屈曲相似。故发病低于男孩。

肛门腺与皮下组织感染：小儿常因尿布皮炎，刺激肛门周围皮肤，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，形成肛门周围皮下脓肿与肛窦相通，而成肛瘘。性激素影响新生儿，尤其是男孩受母体激素失调的影响，使皮脂腺分泌亢进，引起肛门皮脂腺炎。感染形成肛周皮下脓肿与肛窦相通，而致肛瘘。

免疫功能不全：小儿肛瘘的好发月龄是肠道免疫功能薄弱期。此时小儿肛门直肠粘膜局部免疫功能发育不成熟、直肠粘膜屏障不完善。其他如腹泻、异物进入等。