大约有2/3的直肠恶变病人在开始阶段自认为是痢疾、慢性肠炎或痔疮等疾病。其实，只要稍加注意还是可以区别的。

痢疾一般都有急性发作史，发烧、里急后重，大便以脓血为主，大便后腹痛缓解，用抗生素治疗有效。直肠恶变没有上述的典型症状，而且肛门部下坠感在便后不缓解，用抗生素治疗无效。痔疮有便秘或大便出血现象，出血颜色鲜红，附在大便的表面或便后有滴血。而直肠恶变的便血是恶变组织溃烂引起的，血色多污秽且带有腥臭味。当直肠恶变较大时，可使肠腔狭窄，大便费力成细条状，有棱角，这些都是痢疾和痔疮不具备的。

直肠恶变有可能被误诊的另一因素是，当病人请医生诊断时，有的医生缺乏警惕性或者怕麻烦，未作有效的针对性检查。比如，大约80%直肠恶变是长在距肛门边缘7~8厘米以内的直肠壁上，用手指可以触到，根据病情医生该做肛门指诊而未作，就会使本来一个手指即可诊断的直肠恶变被误诊了。