肠道的恶化可以引起便秘，而长期便秘的人群容易发生结肠恶变。通常认为，结肠恶变是由于某种刺激或者有害物质停留在结肠内的时间过长而引起的。便秘者粪便久滞在肠腔，细菌分解产生的有害物质在肠道停留时间过长，就会被肠壁吸收。长此以往，可能会诱导结肠恶变的发生。便秘者常常忽略膳食纤维素的足够摄入，其高蛋白的饮食结构，使得肠道厌氧菌分解产生过多的不饱和胆固醇，进一步代谢为可致恶变的物质。所以，便秘与肠道恶化互为因果，长期慢性便秘者应警惕肠道恶化发生的可能。

加拿大多伦多的科学家发现，长期便秘的女性患者，其大便中常常存在一种物质；该物质在医学上叫做致突变原。这种物质与目前己知的几种致恶变物质类似，这些致突变原经肠道吸收后，经血液循环可进入敏感的乳腺组织。因此，长期便秘的女性发生乳腺恶变的危险性就明显的高于无便秘的一般人群。