内治法的优点是简便、微创微痛苦，缺点是疗效尚不确定。目前几乎没有单独采用内治法治疗肛门尖锐湿疣的。

外治法的优点是比较方便，效果也优于内治法，缺点是治愈率还不够高，常复发，需坚持治疗。用强腐蚀剂治疗时有一定痛苦。

手术疗法中冷冻治疗和电灼治疗的优点是简便、效果好，缺点是只适于小而分散的尖锐湿疣。另外冷冻的范围和深度掌握不好则极易复发。

激光疗法的优点是操作简便，在治疗的过程中就能止血，痛苦也小，治愈率较高，是目前较常用的治疗方法。

外科手术切除的方法优点是对多发的或巨大的湿疣切除彻底，缺点是创面大、易出血，湿疣的基底有时不易切干净。

可以看出，不论哪种治疗方法，单用都有一定的局限性。