肛乳头瘤的症状与一些疾病的症状类似，所以在诊断肛乳头瘤的时候需要与下列疾病进行鉴别诊断。

1、直肠息肉：直肠息肉位于直肠壁上，表面呈肉红色，圆球形，表面组织为粘膜，故易出多见于小儿。

2、乳头状纤维瘤，早期症状不明显，有少数病人可出现排便不尽感，不影响正常的工作与生活，常被忽视，或误认为是痔疮。

指诊与窥镜检查，是诊断乳头瘤的重要手段，大部份病人是通过指诊和窥镜检查时才发现。专家提醒：在治疗肛乳头瘤之前要到医院进行详细的检查，查明疾病的真正原因以后再采取正确的治疗措施。