做直肠镜和乙状结肠镜检查的临床意义是：可以证实直肠指检的发现，还可以发现肛门直肠指检无法摸到的肿块，同时还可以对可疑病变采取活体组织标本做病理检查，因而，对明确疾病诊断甚有帮助。对疑有下消化道恶化、各种炎症、溃疡、寄生虫感染、息肉等疾患，需进一步明确诊断或做鉴别诊断时，或由于肛裂、肛瘘、痔疮、肠结核等局部原因造成的继发性肛门瘙痒症也有必要做直肠镜和乙状结肠镜检查。通常约有70％的大肠恶变可通过镜检直接看到。除用于诊断外，还可用于治疗，例如直肠息肉即可通过乙状结肠镜进行电灼或摘除，也可用于直肠、乙状结肠的异物取出。