目前一致认为结肠镜检查对溃疡性结肠炎的诊断和鉴别诊断均有重要价值。在该病发作期，内镜下溃疡性结肠炎典型表现为结肠粘膜呈连续性病灶，其病变常由结肠远端（直肠、乙状结肠）开始，向结肠近端发展。以左半结肠多见。病变粘膜血管纹路消失，粘膜脆而易出血，有脓性黏液，粘膜有颗粒样改变，伴有糜烂或多数形状不规则、大小深浅不同的溃疡，覆盖有黄白色或血样渗出物。在晚期可示肠壁增厚，肠腔狭窄，可以多发性假息肉形成，在此基础上也可发生恶变变。取病变处肠粘膜作活组织检查，显示非特异性炎性病变和纤维疤痕，同时常可见粘膜糜烂、隐窝浓肿，这对本病的确诊十分重要。通过结肠粘膜活检，可明确病变的性质。