结肠镜的检查原理与直乙状结肠镜是相同的，不同之处在于结肠镜可以检查约150厘米的全大肠，包括直肠、结肠、盲肠。因此，结肠镜可检查的长度要比只能检查直肠和乙状结肠的直乙状结肠镜长。

目前使用很普遍的结肠镜是电子纤维结肠镜。当然，非电子的纤维结肠镜也并非完全不被使用了。

有时患者可在全身麻醉状态下接受结肠镜检查，这样可以微创微痛苦感觉，此时的检查被称为微创微痛结肠镜检查。