诊断克罗恩病时还需要排除其他非特异性炎症性肠病（如溃疡性结肠炎），感染性疾病，肠结核，小肠恶性淋巴瘤，急性阑尾炎，缺血性肠炎，白塞病，放射性肠炎，出血坏死性肠炎，胶原性结肠炎等。

1、溃疡性结肠炎见前述。

2、小肠恶性淋巴瘤原发性小肠恶性淋巴瘤往往较长时间内局限在小肠和（或）邻近肠系膜淋巴结，部分患者恶化可呈多灶性分布，此时与克罗恩病鉴别有一定困难。如X 线检查见小肠结肠同时受累、节段性分布、裂隙状溃疡、鹅卵石征、痪管形成等有利于克罗恩病的诊断；如X 线检查见一肠段内广泛侵蚀、呈较大的指压痕或充盈缺损，B 超或CT 检查肠壁明显增厚、腹腔淋巴结肿大，则支持小肠恶性淋巴瘤诊断。小肠恶性淋巴瘤一般进展较快，必要时手术探查可获得活组织病理依据。

3、急性阑尾炎急性阑尾炎腹泻较少见，常有右下腹痛，压痛限于麦氏点，血象白细胞计数增高。但有时也需要行手术剖腹探查明确诊断。

4、感染性疾病细菌性、寄生虫源性肠炎也可导致腹痛、腹泻、私液血便等症状，如细菌性痢疾、阿米巴性痢疾、血吸虫病等。还要除外其他感染性结肠炎（如邓尔森小肠结肠炎杆菌、空肠弯曲菌、艰难梭状芽饱杆菌等感染）。可详细询问病史，以及粪便培养，寻找病原微生物，予以鉴别诊断。